Делаете новый слой в режиме SCREEN и уже его красите как хотите чтобы оставить
лайнарт черно-белым, ну мало ли для чего.
Чтобы слой с покраской лайнарта не влиял на еще более нижние слои нажимает галку Clipping Group.
То же самое и в Фотошопе делается.
cs411419.vk.me/v411419192/4a0f/tlbHHVmet2M.jpg